La carriera di pilota di Formula 1 di Alessandro Nannini si interruppe il 12 ottobre 1990, per un grave e controverso incidente in elicottero: l'apparecchio, di sua proprietà, infatti precipitò al suolo, Nannini venne sbalzato fuori per l'impatto ed una delle pale dell'elica del velivolo, sfortunatamente, gli tranciò di netto l'avambraccio destro.
Un'equipe di medici, diretta dal prof. Bufalini, riuscì a riattaccarlo dopo un delicatissimo intervento chirurgico, ma la riabilitazione fu molto lenta, complicata e faticosa, e la funzionalità dell'arto, ovviamente, era irrimediabilmente compromessa.
In ogni caso, per Nannini l'avventura in F1 si chiuse qui: negli anni a venire non andò oltre un paio di test svolti unicamente per il gusto di riassaporare certe sensazioni.

Archiviata la F1, una volta recuperata (sia pur non del tutto) l'efficienza dell'arto, passò alle ruote coperte.
Nel 1992 partecipò al Campionato Italiano Turismo, al volante dell'Alfa Romeo 155. Sempre con la Casa del Biscione, dal 1993 fu impegnato nel prestigioso DTM alla guida della 155 V6 TI e vi restò fino al 1996, in cui corse nel Campionato mondiale ITC, riportando varie vittorie, ma senza mai lottare per il titolo.
Nel 1997, poi, passò alla Mercedes-Benz, con cui disputò il Campionato FIA GT.
Al termine di quella stagione lasciò le competizioni per occuparsi degli affari della sua famiglia.