Il terremoto mutò in parte l’aspetto urbanistico della città, ma fortunatamente provocò solo 3 vittime (alcune fonti parlano di 4 morti) e circa 50 feriti. Tra le vittime, al Conservatorio del Refugio morirono Felice Petrucci, una fanciulla che stava per vestire l'abito di oblata, schiacciata dal crollo della volta della chiesa e suor Maria de' Naldi, a causa delle ferite riportate nello stesso crollo.
Per i gravissimi danni subiti da Siena per il terremoto si decise di sospendere il Palio del 2 luglio: "Col tremito alle mani, colle lacrime agli occhi, e col palpito, e gemito di cuore vengo io Pietro Nenci aiuto cancelliere di questa Comunità Civica vergo la carta col presente mio carattere per registrare a memoria dei posteri che in questo giorno non si eseguì la solita corsa di Palio nella Piazza Grande.
La ragione di ciò si fu la terribile scossa di terremoto accaduta in questa città il 26 di maggio di quest'anno alle ore una, e minuti dieci pomeridiane.
Tale fu il patimento delle fabbriche, e tale lo spavento, e lutto resosi padrone dell'animo di ogni ceto di persone, che il Governo non credè a proposito di permettere la consueta corsa di Palio con decidendosi differirla a tempo più confacente, e più lontano dalla seguita funestissima disgrazia, e forse al 16 agosto futuro"

Il giorno dopo "l’orribilissima scossa", come la definì Angelo Sorri nella sua "Memoria Terribile", si cominciano ad approntare le prime misure per fronteggiare l’emergenza.
La gente era scappata dalle proprie case, rifugiandosi in spazi aperti: tende e baracche di tela erano state allestite alla Lizza, dove trovò riparo la maggior parte del popolo e dove furono accalcate quasi tutte le carrozze della città per offrire dimora ai bisognosi; ma identica situazione si registrò in piazza San Francesco, Santo Spirito, Sant’Agostino, nell’odierna piazza d’Armi.
In piazza del Duomo fu costruita una baracca per alloggiarvi le balie dell'ospedale di Santa Maria della Scala, mentre monache e frati avevano costruito baracche e tende nei loro orti. Il governatore di Siena, Vincenzo Martini, riunì la polizia cittadina perché vigilasse sulla sicurezza pubblica per prevenire incendi e soprattutto disordini e furti nelle abitazioni abbandonate e nelle chiese.

Lo stesso 27 maggio, giorno di Pentecoste, l'arcivescovo Anton Felice Zondadari celebrò la Santa Messa nel prato della Lizza.
Il governatore relazionò subito l'accaduto al granduca Ferdinando III, che, con lettera datata proprio 27 maggio, ordinò di aprire una colletta per i poveri, alla quale contribuì con la notevole somma di diecimila scudi, oltre ad inviare da Firenze i primi tecnici per iniziare la stima dei danni e redigere un piano di recupero dei fabbricati lesionati.