Il ministero conferisce a Moriani un assegno per studi di perfezionamento a Pavia, alla scuola di Filippo Serafini, seguace di Friedrich Carl von Savigny, assiduo frequentatore di quelle università tedesche da cui era partito il rinnovamento metodologico, lo studio critico delle fonti, comunemente considerato premessa della rinascita scientifica anche degli studi del diritto romano in Italia. Dopo questa importante esperienza, Moriani ottiene la cattedra di diritto romano a Siena (sarà preside della facoltà di giurisprudenza nel 1879-80).
Nel 1880 il suo trasferimento all’Università di Pavia, per un trattamento professionale più vantaggioso, desta così clamore a Siena che giunge in Parlamento dove viene messo in dubbio il metodo di insegnamento di Moriani.
Nell’Ateneo senese, infatti, arriva Vittorio Scialoja, che riporta gli studenti ad un antico studio del diritto, non critico e innovativo come faceva Moriani, per cui gli studenti protestano perchè il “metodo tenuto dal professor Moriani, precedente incaricato di diritto romano, era più chiaro e facile”. Rispondendo all’interrogazione del deputato Ferdinando Martini sui disordini, il ministro Guido Baccelli accenna al tentativo di un “dotto insegnante” di “correggere alcuni abusi invalsi” a Siena.
L’Università di Pavia e le autorità accademiche di Siena si schierano a tutela di Moriani e Scialoja nega le accuse di essersi dichiarato “avverso all’egregio professor Moriani”.
D’altro canto, soprattutto nel Novecento, Moriani fu considerato dai romanisti protagonista di un metodo diverso dalle costruzioni dei Pandettisti ottocenteschi, che guardavano alla compilazione giustinianea come a un insieme di dogmi e principî adatti all’ordine giuridico dei rapporti del proprio tempo.
Di lui veniva apprezzato l’eclettismo di uno studio esegetico inteso a chiarire il concetto delle norme; poi storico, inteso a ripercorrerne la formazione; infine critico, che forma il sistema dopo aver ricostruito forme e concetti degli istituti. Nel 1894 Luigi Moriani torna a Siena, dove insegna diritto romano fino al collocamento a riposo, avvenuto il 1° agosto 1920 (è Rettore della nostra Università dal 1896 al 1898 e dal 1904 al 1906).
Luigi Moriani, dunque, fu un docente amato per la sua profonda conoscenza della materia ma anche per il modo moderno e critico con cui porgeva questa complessa materia ai suoi studenti. Molte opere costellano la sua carriera, alcune delle quali, come ad esempio "Della proprietà civile comparata tra il nuovo e l'antico Diritto Romano" (1866) e "Corso di istituzioni di Diritto Romano" (1879) sono conosciute e ancora analizzate da studiosi di tutto il mondo.