Dopo aver lavorato ad Arezzo, rientra a Siena e dà subito prova della sua maestria nel cantiere del duomo, guidato da Baldassarre Peruzzi.
Nella nostra cattedrale realizza numerose vetrate tra cui la grande vetrata circolare della facciata che raffigura l’ultima cena. Terminata nel 1552 (in realtà nel 1551 Pastorini viene addirittura imprigionato per inadempienza contrattuale proprio per quest’opera) si disse che era “la più sublime e vasta delle pitture in vetro che sia al mondo”.
A Siena realizza opere di pregio immenso (ad esempio in San Francesco), ed incappa però (forse per i molti impegni) in qualche grana giudiziaria: il 20 dicembre 1549 ottiene dagli ufficiali della Mercanzia l’incarico di decorare con stucchi e affreschi le tre volte della loro loggia presso piazza del Campo, ma nel maggio 1552 ha ultimato solo la prima volta a sinistra.
Viene (nuovamente) incarcerato e obbligato ad abbandonare la commissione, che viene affidata a Lorenzo Rustici.


Medaglia in bronzo commemorativa di Eleonora di Toledo moglie di Pietro de' Medici (1576)

Ma ormai Pastorino Pastorini ha una fama e uno stile così personale da permettergli di ottenere commesse in ogni parte d'Italia: esegue importanti lavori a Roma per papa Paolo III; trascorre molto tempo alla corte di Ercole II a Ferrara; opera a Firenze per i Medici che lo nominano Maestro degli stucchi.
Da rimarcare anche la sua grande capacità come incisore di medaglie che realizza per i membri delle case d'Este, Farnese e Medici.
È inoltre incisore delle zecche di Parma, Reggio nell'Emilia, Ferrara, Bologna, Novellara.