Il 7 ottobre 1799 da Vienna (dove è costretto all’esilio dal mese di marzo dopo che le truppe francesi avevano occupato la Toscana) il Granduca Ferdinando III d'Asburgo-Lorena sancisce la chiusura temporanea delle Università di Pisa e di Siena, considerate pericolosi focolai di idee giacobine.
L’arrivo delle truppe francesi a Siena segna un momento drammatico per la città, dovuto anche ai tragici eventi legati agli insorti del “Viva Maria” che, con la motivazione di cacciare gli occupanti francesi, si dettero ad ogni sorta di eccessi. Intellettuali e docenti universitari vennero sospettati di essere “irreligiosi” e filogiacobini e, pertanto, arrestati (uno fra tutti Paolo Mascagni il 28 giugno 1799).
Dopo la sconfitta delle truppe francesi a opera degli Austro-Russi, che segna la caduta dei governi democratici, la regione è di nuovo in mano al legittimo Granduca. Il provveditore senese, l’arciprete Ansano Luti, in questo clima di incertezza e paura decide, con l’approvazione granducale, di chiudere per un anno lo Studio Senese.
Parallelamente, per non far perdere agli studenti un anno offre loro, comunque, la possibilità di seguire lezioni private.
Ma i francesi, come sappiamo, torneranno ben presto e, dopo una vita accademica altalenante, nel 1808 lo Studio senese venne chiuso definitivamente per riaprire i battenti solo con la Restaurazione.