Fu tra i fondatori della Deputazione di storia patria di Siena e tra i fondatori del Bullettino senese di storia patria nel 1894.
Alla storia di Siena dedicò conferenze che ancora oggi si leggono con piacere (La vita privata e pubblica del senesi nel Duecento; il Mercante senese nel Duecento) ma soprattutto studi preziosi, come quello sugli statuti criminali del foro ecclesiastico fra Due e Trecento o quello sull'università di Siena nel Rinascimento.
L'opera che ha, comunque, legato indissolubilmente il nome di Zdekauer a Siena è l'edizione (ancora oggi insuperata) del Constituto di Siena del 1262, pubblicata nel 1897.
Siena non ha ancora ritenuto di dedicare una via a questo grande intellettuale innamorato della nostra città... ha ragione chi ritiene che ciò sia una grave mancanza.