La criticità di questo reparto dell’ospedale era ben chiara agli amministratori già da tempo. Fin dal rettorato di Agostino Chigi, a cavallo tra il XVI ed il XVII secolo, si assiste, infatti, ad un forte impulso costruttivo che coinvolge il Santa Maria della Scala. Nel 1601 e negli anni successivi, in particolare, le funzioni svolte dalla casa delle balie e da quella dei gittatelli vengono spostate dal corpo principale dell’ospedale ad alcuni edifici già esistenti e adattati alle nuove necessità, posti all’imbocco di strade che proprio a seguito di questa nuova destinazione d’uso prendono in maniera significativa la denominazione toponomastica di Chiasso Ripido delle Balie (oggi vicolo di San Girolamo) e Strada detta delle Balie (ora via dei Fusari).
I nuovi edifici accolsero i neonati con le balie loro destinate e i bambini, che vivevano distinti per sesso ed età. Vennero rifatti, quindi, i dormitori, dotati di letti di ferro divisi da tende, la cucina, il refettorio, la cisterna, venne istituita un’infermeria e vennero creati vari locali di servizio, ad esempio, per l’asciugatura dei panni o il rimessaggio del legname.
Queste misure, evidentemente, non furono sufficienti visto che, nel secolo successivo, la situazione dei gittatelli era, evidentemente, peggiorata.