Il 4 aprile 1780 il Granduca Pietro Leopoldo emette un "motu proprio" che riforma l’Università: tutte le cattedre dello Studio Senese vengono concentrate in tre unità superiori, per un totale di 18 insegnamenti: il Collegio Legale, il Collegio Filosofico-medico e il Collegio Teologico; previsti anche un maestro di scrittura e uno di disegno.
Inoltre, si impedisce ai professori di chiedere aumenti rispetto alle provvigioni già determinate, con l’eccezione di ricompensare i docenti che brillano per la loro attività. Possibilità, questa, di cui approfitterà Paolo Mascagni, al quale verrà concesso tale riconoscimento.

A seguito del "motu proprio" si soppressero ben 14 cattedre ponendo l'Ateneo senese in posizione di inferiorità rispetto a quello pisano; per questo le reazioni in città non furono "tenere" e alcuni videro nel provvedimento leopoldino quasi un "funerale per l’Università".
Il primo provveditore della "Regia Università di Siena" fu Guido Savini, docente di Istituzioni di diritto civile, che rimase in carica dal 1777 al 1797.