La richiesta fu accolta e nel 1522 iniziarono i lavori della chiesa, che ovviamente fu intitolata al protettore dei falegnami, San Giuseppe.
L’Arte, però, non aveva fatto bene i conti ed i lavori stentarono ad avanzare; solo dopo varie difficoltà, nel 1629, San Giuseppe sembra essere terminata e officiata, con la facciata completata nel 1653.
Con la soppressione delle Arti, l’oratorio cadde in abbandono e l’Onda, che fino allora si radunava in San Salvatore ma che cercava una sede più spaziosa, in questo 25 marzo 1787 ne domandò la cessione.
Divenuti i nuovi proprietari della chiesa, il 17 giugno, gli ondaioli vi svolsero la prima assemblea.