Il 22 febbraio 1815 il Granduca Ferdinando III d'Asburgo Lorena ordinò che "venisse consegnata e rilasciata ad uso dell'Università di questa Città [...] la Fabbrica del Collegio di S. Vigilio di detta Città permutandola colla causa Pia l'altra fabbrica di proprietà dell'Università predetta". Con Ferdinando III, infatti, l'Università di Siena, soppressa dal Governo francese, riprese la regolare attività accademica.
In sostituzione dell'antica residenza di via della Sapienza, destinata a ospitare l'Accademia di Belle Arti, il rinato Ateneo ottenne come nuova sede il convento di San Vigilio che fino al 1808 aveva ospitato i monaci vallombrosani.


Sala principale della Biblioteca degli Intronati
in una foto dei primi del '900

In precedenza l'Università era nella centralissima via della Sapienza.
Detta strada prende il nome dal fatto che proprio lì, dagli inizi del Secolo XV, aveva sede l'antica Università, nei locali che in precedenza costituivano la Domus Misericordiae e che oggi ospitano la Biblioteca Comunale degli Intronati.
Lì vi erano le aule dove si svolgevano le lezioni e dove aveva sede il Collegio di Sapienza per gli scolari, per molta parte "forestieri" e provenienti dall'estero.